سال ۲۱۹۹ است. نژاد بشر در جنگ خود با گامیلوها شکست خورده و به شهرهای زیرزمینی رانده شده است. دانشمندان تخمین می‌زنند که تنها یک سال زمان باقی مانده است. افسران جوان سوسومو کودای و دایسکه شیما یک کپسول مرموز از یک کشتی که به‌طور اضطراری در مریخ فرود آمده بود دریافت می‌کنند و آن را به زمین بازمی‌گردانند. این کپسول آخرین امید بشریت را در خود دارد: سیاره ایسکاندار در طرف دیگر کهکشان ماژلان فناوری لازم برای شکست گامیلوها و احیای سیاره را دارد. ناو فضایی یاماتو به این مأموریت سپرده شده است، اما تنها یک سال زمان دارند قبل از اینکه بشریت به پایان برسد.