Üçüncü Etkinliğin on dört yıl sonrasında Shinji Ikari hatırlamadığı bir dünyaya uyanır hiç yaşı değildir dünya harabe halinde NERV dağılır ve koruduğu insanlar ona karşı birleşirler saklı Kaworu Nagisa ile arkadaşlık kurar Shinji meleklerle savaşmaya devam eder hatta eski müttefikleriyle karşı karşıya kalır ve savaşlar meleklerle ve birbirleriyle sürerken dünyayı tamamen son bulması ihtimaliyle karşı karşıya kalır